三百五十年前，国姓爷郑成功驱逐荷兰人，随即将復兴明朝的祕宝「日月之护」埋藏于普罗岷遮城某处的地底。国姓爷猝逝之后，其子郑经将「日月之护」埋藏地点的线索，分别交由大明皇室寧靖王以及天地会总舵主陈永华保管。郑经逝世后，世子郑克臧遭冯锡范谋害，其遗骨埋葬地点却成为歷史考古界的一大谜团。
  三百五十年后，一本天地会总舵主陈永华的手札，引发一件发生于古都台南某所大学的离奇命案，两名歷史系教授在如同密室的研究室内遭受袭击，一死一伤，遇害教授在现场遗留下一个神祕符号。一件命案牵扯出一个古老而庞大的秘密组织「天地会」、牵扯出一件流传已久的国姓爷宝藏「日月之护」、牵扯出一道考古谜团「郑克臧遗骨」。
  本篇故事採取古今两个时空交错进行的叙事方式，一部分讲述三百多年前郑成功驱逐荷兰人到郑克塽降清期间，明郑政权经略台湾的歷程；另一部分讲述受到离奇命案牵连的两名大学生如何抽丝剥茧，找出谋杀教授的兇手并解开国姓爷宝藏与郑克臧遗骨下落的谜团。